A történet ott folytatódik ahol a Sand of time abba hagyta. Hercegünket egy Dahaka nevű szörny akarja megölni aki az idő őrzője és a Herceg élete szembe ütközik a szabályokkal. A herceg öreg barátjától kér segítséget aki az idő szigetére küldi ahol a homok készült. Hősünket a szigetre tartva megtámadja egy kalóz hajó akinek a vezetője shahdee. Hősünk megússza a küzdelmet a nővel de eszméletét elvesztve a vízbe esik. Szerencséjére a szigeten ébred ahova tartott. Hősünk a vár akadályait és katonáit túlélve megtalálja akit akart. Az idő császárnőjét aki a homok elkészítéséért felelős. Harcukban a herceg kerül ki győztesen, és amikor elindul haza Dahaka még mindig üldözi. Egy terembe menekül ahol választ kap kérdéseire. Van egy maszk ami megváltoztathatja a sorsát. És a homok a császárnő halála miatt jött létre . Elhatározza hogy a jelenbe viszi a császárnőt. Terve sikerességét Dahaka akadályozza, akivel a végén meg mérkőzik és meg is öli. Tömören ennyi a történet.